1802 tot 1813
Vijfmaal moet Münster de verandering van heerschappij en grondwet verdragen. In 1802 bezetten Pruisische troepen onder generaal Gebhard Leberecht von Blücher de stad. In 1803 wordt het vorstbisdom Münster opgeheven met de “Reichsdeputationshauptschluss“. De napoleontische tijd van 1805 tot 1813 werd gekenmerkt door oorlog, militaire bezetting en vreemde heerschappij. Voor korte tijd behorend bij het groothertogdom Berg, wordt de stad reeds snel ingelijfd bij het Franse keizerrijk en de hoofdstad van het departement Lippe. In november 1813 vallen opnieuw Pruisische troepen in Münster binnen.

1815
Het Congres van Wenen wijst Westfalen definitief toe aan het koninkrijk Pruisen. Münster wordt de hoofdstad van de nieuwe provincie Westfalen, zetel van de eerste president voor de staatsadministratie en het hoofdcommando van het VIIe armeekorps.

1835
Invoering de van Revidierte Städteordnung van 1831; de eerste stap terug naar het communale zelfbestuur.

1848
Op 25 mei om 9.30 uur ´s morgens start de eerste spoortrein van Münster naar Hamm. Het stationsgebouw werd nog gebouwd. In 1870 ligt Münster eindelijk aan het doorlopende traject Parijs - Hamburg.

1848
Terwijl in maart in heel Duitsland de mensen op straat komen en demonstreren voor vrijheid en politiek medezeggenschap, protesteren de mensen in Münster uit economische nood. In november vinden er evenementen met politieke achtergrond plaats.

jaren 1870
In Münster woedt de “Kulturkampf”, het dispuut tussen de liberale (in Pruisen bovendien protestantse) staat en de katholieke kerk, bijzonder hevig. Bisschop Johann Bernhard Brinkmann, die niet wil toegeven aan de staatsdruk, moet vluchten naar Nederland, om te ontkomen aan een arrestatie. De katholieke bevolking in Münster en in het Münsterland staat enthousiast achter haar geestelijke leider. Zijn terugkeer uit het ballingschap in 1884 vieren de Münsteraars als triomf.

1875
De in het keurslijf van de promenade gesnoerde stad kan lange tijd wat de oppervlakte betreft niet groeien. Door de inlijving van delen van de plattelandsgemeentes Lamberti, St. Mauritz en Überwasser wordt het stadsgebied sterk uitgebreid. De vroegere priester, leraar bij het vwo en sinds 1873 buitengewone hoogleraar voor zoölogie Hermann Landois richt de Westfälischer Zoologischer Garten op, die op 26 juni met pronk en praal geopend wordt. Het is de eerste dierentuin in Westfalen. Landois († 1905) wordt vandaag de dag nog steeds vereerd als unicum en historisch voorbeeld.

1899
De inwijding van de haven in Münster en de voltooiing van het Dortmund-Ems-kanaal wordt omjubeld. De oude droom van een waterverbinding met de Noordzee gaat in vervulling.