Bezeichnend für Muckermanns Auseinandersetzung mit dem Nationalsozialismus war, dass er nicht nur den braunen Ungeist zurückwies, sondern auch die Kritiklosigkeit bzw. "Instinktlosigkeit" der Anhänger schonungslos attackierte, durch die der Ungeist erst zur Gefahr wurde. Dies sei am Beispiel eines Textes mit dem sehr sprechenden Titel "Pompa diaboli" (Prunkwerk des Teufels), der im Juni 1934 im "Gral" erschien, exemplarisch verdeutlicht. Darin rechnet er mit der "Instinktlosigkeit" jener Deutschen ab, die sich vom Nationalsozialismus blenden ließen: "Man höre sich die Urteile von Gebildeten, die das Sakrament der Taufe empfangen haben, über Bewegungen und Bücher an. Man fällt von einem Staunen ins andere. Urteile werden gefällt, Hoffnungen werden geäußert, dass einem die Haare zu Berge stehen. Tollkirschen unterscheidet man nicht mehr von echten, Wölfe nicht mehr von Lämmern, und jedes kulturelle Glatteis hält man für einen Felsengrund aus Granit. Menschen, die einmal in einer frommen Stunde gedacht und gebetet haben, dass Christus der Weg, die Wahrheit und das Leben sei, torkeln durch die Weltgeschichte wie jene Kranken, denen die Gleichgewichtsvorrichtung im Ohr gestört worden ist. Man kann nicht einmal sprechen von bösem Willen, oft auch nicht von Feigheit, nicht einmal immer von Dummheit, zeichnen sich doch nicht selten Universitätsprofessoren durch jene Erscheinung aus, die wir im Auge haben. Es fehlt etwas, was man bei einem Kinde häufig genug hat beobachten können, der Instinkt für gute Menschen oder böse. Selbst bei manchem treuen Hunde scheint ein dunkles Gefühl vorhanden zu sein für die Zugehörigkeit eines Hausbesuchers zum Kreis der Freunde oder zur Zunft der Diebe".

Sarkastisch hält Muckermann hier ideologisch verblendeten deutschen Katholiken und darüber hinaus allen durch "Instinktlosigkeit" gefährdeten Deutschen die Folgen ihrer Verblendung vor: "Man denke nur an die Zeit, als noch der gebildete Europäer für den Bolschewismus schwärmte. Man erinnere sich an das bürgerliche Publikum, das rasend Beifall klatschte, wenn ein Stück über die Bühne ging, das eben diesen Bürger, der aus dem Rausch des Entzückens nicht erwachen wollte, so schöne Morgengaben einer besseren Zeit wie die Tscheka, wie Diktatur des Proletariats, wie völlige Ausrottung versprach. Damals konnte man das unzarte Sprichwort nicht oft genug anwenden: Nur die allerdümmsten Kälber wählen ihre Metzger selber".

Mit solchen Artikeln musste Muckermann zwangsläufig ins Visier der Gestapo geraten. Da er selbst in ihren Kreisen Freunde hatte, wurde er rechtzeitig gewarnt; aber er ließ sich nicht einschüchtern. Das veranlasste die Gestapo schließlich, der Reichsregierung im Juni 1934 ein Redeverbot für Muckermann vorzuschlagen. Es sei nicht hinnehmbar, wenn "dem Jesuitenpater Muckermann weiterhin gestattet wird, derartige Vorträge zu halten und dadurch das Gesamtwohl und die Einheit der neuen deutschen Nation zu gefährden".

Zeitweilig bekämpfte Muckermann die Nationalsozialisten nicht nur mit Worten, sondern sogar organisatorisch, indem er in Münster eine "Liga" gründete, eine Art katholischer Gegen-SA: eine Organisation von katholischen jungen Männern zum Schutz der Versammlungen, in denen Muckermann sprach, und darüber hinaus allgemein zum Schutz der Republik gegen ihre Feinde. Er schreibt dazu in seinen Erinnerungen: "Die Idee war bei mir geboren aus der einfachen Überlegung, dass angesichts des Aufstiegs totalitärer Weltanschauungen die absolute Notwendigkeit bestehe, Gruppen zu sammeln, die bereit wären, ihr Leben für die christlichen Ideale und ihre Verteidigung im Staat hinzugeben".

Die Ereignisse um den 30. Juni 1934 ("Röhm-Putsch") zeigten Muckermann, welche Gefahr auch ihm drohte. Um seiner zu erwartenden Verhaftung zu entgehen, floh er am 14. Juli 1934 nach Holland, von wo aus er mit der Wochenzeitschrift "Der Deutsche Weg" den Kampf mit um so größerer Entschiedenheit und Schonungslosigkeit fortsetzte. Seine Anschuldigungen steigerten sich zu der Aufforderung, dem NS-Staat die Loyalität zu verweigern, da nicht mehr der Staat der Träger der Souveränität sei, sondern die Partei, die diesen Staat für ihre Ziele missbrauche.

Diese rigorose Konfrontation verstärkte den Druck der Nationalsozialisten auf den Jesuitenorden, so dass sich der Ordensgeneral gezwungen sah, Muckermann, der sehr wohl wusste, dass er aufgrund seiner Tätigkeit "ein Kreuz für den General" war, Anfang 1935 nach Rom abzuberufen. Aber auch hier ließ er von seiner Tätigkeit für den "Deutschen Weg", der weiterhin (unter wechselnden Namen) in Holland erschien, nicht ab. Im Herbst 1935 nahm er sogar wieder Vortragsreisen durch halb Europa auf, in denen er nicht nur vor der nationalsozialistischen Gefahr warnte, sondern auch Kontakt zu Personen und Gruppierungen aufnahm, die sich dem Kampf gegen den Nationalsozialismus verschrieben hatten. Im Oktober 1937 verlegte er seinen Aufenthalt von Rom nach Wien, um dort seinen Kampf fortzusetzen. Hier nutzte er seine schon aus früheren Zeiten bestehenden Kontakte - etwa zum österreichischen Bundeskanzler Kurt von Schuschnigg, aber auch zur tschechoslowakischen Staatspräsidenten Eduard Benesch - zu dem Versuch, eine Koalition zwischen Österreich, Ungarn und der Tschechoslowakei zur Rettung der Unabhängigkeit Österreichs zustande zu bringen. Als die deutschen Truppen im März 1938 in Österreich einmarschierten, hielt sich Muckermann zufällig auf einer Konferenz in der Schweiz auf, so dass er seiner sicheren Verhaftung diesmal durch Zufall entging.